Od 1946 był żonaty z Teresą (zm. 1974), córką Józefa Lasockiego, przedwojennego generała Wojska Polskiego.
Zmarł 29 kwietnia 1984 roku w Krakowie, pochowany w grobowcu rodzinnym na cmentarzu Rakowickim (kwatera BA-płd-po prawej grobu Kopf Józefy).mały|Płyta nagrobna prof. Karola Estreichera mł.
Muzeum Estreicherów – Strat Kultury i Rewindykacji 29 kwietnia 2009 roku, w 25. rocznicę śmierci prof. Karola Estreichera, dokonano otwarcia jego willi, którą tuż przed śmiercią profesor przekazał Towarzystwu Przyjaciół Sztuk Pięknych. Położona na Woli Justowskiej w Krakowie willa po czterech latach generalnego remontu została przekształcona w Muzeum Rodu Estreicherów, Strat Kultury i Rewindykacji.
Publikacje Publikacje Estreichera Miniatury Kodeksu Behema, 1933. Tryptyk Św.