Większość osób podejrzanych o jego zabójstwo już nie żyje (2013).

Do jego zabójstwa przyznał się jego przyjaciel „Irlandczyk” (Frank Sheeran). Morderstwa dokonał na zlecenie Russela Bufalino i Anthony’ego Provenzano. Zabił go dwoma strzałami w tył głowy. Zwłoki zostały spalone w zakładzie pogrzebowym. Do morderstwa przyznał się w książce . Powodem miały być groźby Hoffy, że ujawni, kto i w jaki sposób wyprowadzał pieniądze z funduszu emerytalnego Teamstersów – najpotężniejszego związku zawodowego (kierowców ciężarówek i taksówek) w tamtych latach w USA – na budowę kasyn hazardowych, a także powiązania mafii włoskiej z CIA przy zabójstwie JFK oraz desancie w Zatoce Świń. Frank Sheeran był podejrzany o to zabójstwo przez FBI, ale w trakcie śledztwa nie znaleziono wystarczających dowodów. Według Irlandczyka Hoffa został przewieziony pod pretekstem spotkania, a kierowcą był Charles O’Brien (przybrany syn Hoffy), choć nie wiedział on o planach morderstwa i w nim nie uczestniczył.

Odniesienia w kulturze W 1992 r. Danny DeVito nakręcił poświęcony mu film biograficzny – Hoffa. Rolę Hoffy odegrał Jack Nicholson.