O godzinie 14:45 miał być widziany, jak w towarzystwie kilku mężczyzn wsiada do samochodu. Detektywi policyjni w trakcie śledztwa ustalili, że zamordowano go przy użyciu garoty, a jego zwłoki przewieziono w samochodzie do zakładu przetwarzania tłuszczu zwierzęcego (kontrolowanego przez mafię, później strawionego przez pożar). Za głównych podejrzanych uznano: , , i Gabriela Briguglio. Jeden z członków związku Teamsters, który był długotrwale przesłuchiwany przez FBI twierdził, że Hoffa uciekł do Brazylii z tancerką go-go.
Jeden ze skruszonych, , w swojej książce przedstawił inną wersję na temat zniknięcia/zabójstwa Hoffy. To Tony Zerilli i Mike Polizzi (bossowie z Detroit) mieli wydać wyrok. Dodatkowo w plan wtajemniczyli jego bliskiego kumpla Tony’ego Giacalone (notabene to na niego miał czekać Hoffa).
W 2001 r. na podstawie badań DNA ustalono, że jeden z włosów znalezionych w samochodzie, którym 30 lipca 1975 kierował , należał do Jimmy’ego Hoffy. O’Brien był od początku podejrzanym, ale policji nie udało się zdobyć obciążających go dowodów. Sam zaprzeczał, aby tego dnia Hoffa wsiadał do jego pojazdu. Ciała Jimmy’ego Hoffy nigdy nie odnaleziono, a po kilku latach od zaginięcia urzędowo uznano go za zmarłego.