We wrześniu 2005 roku wystartował w turnieju PRIDE Welterweight Grand Prix. Awansował do finału (pokonując Japończyków Sudę i Minowę), w którym ponownie zmierzył się z Hendersonem. Do walki tej doszło 31 grudnia 2005 roku i po zaciętym boju znów tryumfował Amerykanin, tym razem przez niejednogłośną decyzję. Bustamante stoczył później jeszcze dwie walki w PRIDE, po czym w 2007 roku organizacja została przejęta przez właścicieli UFC i przestała funkcjonować.
W sylwestrową noc 2007 roku jeszcze raz powrócił do Japonii, aby wystąpić na specjalnej gali Yarennoka!. Przegrał podczas niej przez niejednogłośną decyzję z Makoto Takimoto i wkrótce potem zakończył zawodniczą karierę. Po ponad 2-letniej przerwie, w wieku 43 lat postanowił ją jednak wznowić. W lipcu 2010 roku na gali Impact FC 2 w Sydney zmierzył się z 17 lat młodszym od siebie Amerykaninem Jessem Taylorem. Bustamante poddał walkę w 2. rundzie z powodu problemów z błędnikiem (cierpi na jego chroniczne zapalenie). W marcu 2012 roku odniósł pierwsze od 2007 roku zwycięstwo, gdy na brazylijskiej gali AFC 2 pokonał na punkty Dave'a Menne w walce będącej rewanżem za ich pojedynek sprzed 10 lat o mistrzostwo UFC.