Charakterystyczna dla średniowiecza jest również metoda scholastyczna, która wpłynęła na całą ówczesną filozofię. Nauka na średniowiecznych uniwersytetach polegała w głównej mierze na lekturze i dyskutowaniu tekstów, uznawanych za autorytarne. Były to pisma chrześcijańskie (Pismo święte, pisma Ojców Kościoła), a także niektóre teksty starożytne (np. dzieła Arystotelesa). Pisma te następnie były szczegółowo objaśniane i dyskutowane. Wypracowaną tam "metodę scholastyczną" charakteryzowało rozważanie argumentów za i przeciw, a także staranne budowanie aparatury pojęciowej, opartej na subtelnych dystynkcjach. Z tej praktyki narodziła się scholastyka rozumiana jako uzasadnianie (racjonalizowanie) prawd wiary oraz uzgadnianie treści pism chrześcijańskich z pismami pogańskich filozofów (traktowanych jako prawdy rozumowe).
Scholastyka starała się racjonalnie zgłębiać zagadnienia teologiczne i filozoficzne. Odmienną drogę przyjmowała mistyka, od XIII w. rozwijająca się w krajach niemieckich. Miała ona wpływ na dalszy rozwój filozofii niemieckiej, szczególnie w okresie romantyzmu. Jej najwybitniejszymi postaciami byli Hildegarda z Bingen i Mistrz Eckhart (przedstawiciel mistyki nadreńskiej.