W 1948 roku Zarząd Główny Robotniczej Spółdzielni Wydawniczej „Prasa” założył ogólnopolską sieć domów kultury i księgarni Klubu Międzynarodowej Prasy i Książki (KMPiK). Spółka Empik powołana została do życia w 1991 roku przez Jacka Dębskiego (z ramienia RSW „Prasa-Książka-Ruch”), biznesmena Janusza Romanowskiego i Ronny’ego Brucknera. RSW „Prasa-Książka-Ruch” wniósł do spółki 74 placówki KMPiK. W 1994 roku spółkę Empik sp. z o.o. nabył od Skarbu Państwa koncern Eastbridge N.V. z siedzibą w Holandii.
W 2011 roku sieć działała w ramach należącego do Eastbridge NFI Empik Media & Fashion (wcześniej NFI Hetman), grupy zarządzającej w Polsce również markami Aldo, Esprit, Chanel, Clarins, Dior, Mexx, Sephora, Zara, Shiseido i Smyk. Przez pierwsze lata działalności salony Empik posiadały działy perfumeryjne; obecnie są to zazwyczaj niezależne sklepy w obrębie tego samego centrum handlowego. Z końcem lat 90. XX wieku, działy multimediów posiadały kawiarenki internetowe i proponowały korzystanie z gier komputerowych za opłatą.
W 2012 roku prezesem Empiku został Olaf Szymanowski. 2 lutego 2015 stanowisko prezesa objęła Ewa Szmidt.