Po północno-wschodniej stronie świątyni wznosi się barokowa dzwonnica z lat 1660–1669. Wcześniejsza uległa zniszczeniu podczas trzęsienia ziemi w 1502 roku. Budową siedemnastowiecznej wieży kierowali mistrzowie Machiedo oraz Antun Macetti, a po śmierci tego ostatniego, także jego syn Bartol. Dzwony zawieszono w 1706 roku. W latach 1674 i 1806 wieżę zniszczyły pożary, a w roku 1841 została wyremontowana.
Charakterystyczny jest również dach kościoła św. Marka. Całość ułożona jest z różnokolorowych (głównie czerwonych, białych i niebieskich) dachówek. Na południowym spadzie dachu ułożono wzór dwóch herbów – po stronie wschodniej Zagrzebia, zaś po zachodniej Trójjedynego Królestwa Chorwacji, Slawonii i Dalmacji, którego od 1868 roku Zagrzeb był stolicą. Wzór ten powstał podczas największego od XIV wieku remontu kościoła, który przeprowadzono w latach 1876–1882. Renowację przeprowadził niemiecki architekt Friedrich von Schmidt, zaś głównym wykonawcą był jego współpracownik Hermann Bollé.