Prawdopodobnie przełomowym momentem dla sprawy budowy nowego kościoła okazała się wizyta cara Mikołaja II w Białymstoku w sierpniu 1897. W trakcie spotkania z przedstawicielami parafii odniósł się on przychylnie do sprawy nowego kościoła. Ostatecznie wierni dostali w marcu 1898 od władzy carskiej zgodę tylko na rozbudowę istniejącego kościoła ufundowanego przez Wiesiołowskich, ponieważ w ramach polityki rusyfikacji ludności polskiej nie pozwalano na budowę nowej świątyni. Wtedy właśnie powstał projekt rozbudowy istniejącego kościoła poprzez dobudowanie nowej, większej świątyni. J. Dziekoński sporządził nową propozycję lokalizacyjną i zmienił dotychczasowy projekt: zaproponował rozebranie prezbiterium starego kościoła parafialnego i zbudowanie prostopadle do jego osi nowego kościoła w typie ”wielkiej katedry”. Według zmodyfikowanego projektu nowy kościół miał być powiększony o jedno przęsło między transeptem a prezbiterium, które też zostało wydłużone. J. Dziekoński nawiązał do własnego projektu kościoła św. Floriana na Warszawskiej Pradze. Zmienił nieco wygląd wież, wzbogacając je o struktury ażurowe, wielouskokowe szkarpy, ostrołuki, pinakle i hełmy iglicowe. Na skrzyżowaniu nawy głównej z transeptem miała powstać strzelista sygnaturka. Wewnątrz miały być sklepienia krzyżowe a na przecięciu naw – gwiaździste.