W 1755 roku Imperatorka Wszechrusi Elżbieta przeniosła komnatę do pałacu w Carskim Siole.
thumb|Fragment kopii Bursztynowej Komnaty w Carskim Siole thumb|Fragment kopii Bursztynowej Komnaty w Carskim Siole W 1941 została zrabowana przez Niemców. Latem następnego roku przewieziono ją w kilkudziesięciu skrzyniach do królewieckiego zamku. Jednak w 1944 komnatę ponownie zapakowano do skrzyń i umieszczono w zamkowych podziemiach. To ostatnia pewna wiadomość na temat Bursztynowej Komnaty.
Armia Czerwona zdobyła królewiecką twierdzę 9 kwietnia 1945. Bursztynowej Komnaty nie odnaleziono. Rosjanom udało się natomiast zatrzymać kustosza zamkowego muzeum w Królewcu, który jednak zaginął lub zmarł wkrótce w niewyjaśnionych okolicznościach. Natomiast po latach do polskiego więzienia trafił również Erich Koch, gauleiter Prus Wschodnich, który zapewne zlecił jej demontaż, wywiezienie lub ukrycie. Prawdopodobnie nadzieja na uzyskanie od niego informacji o Komnacie sprawiła, że mimo skazania go na karę śmierci uniknął egzekucji (zmarł w 1986 w więzieniu w Barczewie).
Poszukiwania Bursztynowej Komnaty szukały przez lata tysiące amatorów, urzędnicy ministerstw kultury Polski, Niemiec (tak Wschodnich jak i Zachodnich) i ZSRR, oraz służby specjalne.