Link w Świątyni Czasu spotyka Sheika – tajemniczą, zamaskowaną postać, która udziela mu wskazówek co do dalszej wędrówki. Link udaje się do wioski Kakariko, gdzie schronili się mieszkańcy zrujnowanego przez Ganondorfa zamku Hyrule. Tam w wyścigu z duchem grabarza (Dampe) wygrywa harpun (Hookshot), przyrząd, dzięki któremu może się dostać do Świątyni Lasu (Forest Temple), mieszczącej się w głębi Lasu Kokiri. Okazuje się, że Saria została porwana przez ducha zamieszkującego Świątynię. Duchem okazuje się wysłannik Ganondorfa – Widmo Ganona (Phantom Ganon). Link go pokonuje, a Saria budzi się jako Mędrzec Lasu (Sage of Forest). Również cały las Kokiri zostaje uwolniony od wpływu Ganondorfa – i martwe Drzewo Deku ożywa, wypuszczając odrost – Deku Tree Sprout. Kolejnym etapem wędrówki jest Góra Śmierci, gdzie postrach sieje obudzony przez Ganondorfa starożytny smok – Volvagia. W mieście Goronów Link spotyka syna Darunii, który również nazywa się Link. Otrzymuje od niego odporną na gorąco Czerwoną Tunikę Goronów (Goron Tunic). Darunia wyrusza by pokonać smoka do Świątyni Ognia (Fire Temple) – jednak czyni to nie mając legendarnej broni – Megatonowego Młota (Megaton Hammer).