Link budzi się w dziwnym, onirycznym miejscu i spotyka Rauru – Mędrca Światła (Sage of Light). Rauru wtajemnicza Linka w to, co się do tej pory stało – Ganondorf przejął tylko część Trójmocy – ale za jej pomocą w ciągu siedmiu lat podporządkował sobie całą krainę Hyrule. Link jako dziecko nie byłby w stanie mierzyć się z potęgą Ganondorfa – dlatego zamknięto jego duszę na siedem lat, do czasu, aż ciało będzie w stanie podjąć stawiane mu wyzwania. Zadaniem Linka jest obudzić pozostałych pięciu Mędrców znajdujących się w świątyniach – ich połączona siła będzie zdolna do pokonania Ganondorfa. Rauru wysyła Linka do rzeczywistego świata; ta część gry zaczyna się w Świątyni Czasu, a Link (już jako dorosły) jest wyposażony w Miecz Mistrza, który wbity z powrotem w piedestał przenosi Linka siedem lat wstecz, do jego dziecięcego ciała.