Po rozpadzie ZSRR w 1991 roku kościół stał się znany jako Ewangelicko-Luterański Kościół w Rosji i Innych Krajach. Między 1992 a 1994 zorganizowane zostały Synody w Rosji europejskiej, na Syberii i Ukrainie, w Kazachstanie, Uzbekistanie oraz Kirgistanie. W 1994 roku Georg Kretschmar został wybrany na następcę Haralda Kalniņša, a na II Synodzie Generalnym w 1999 roku tytuł biskupa zmieniono na arcybiskupa.
Wraz z uchwaleniem Ustawy o Wolności Sumienia i Związkach Religijnych w Rosji w 1997 roku, nastąpiła ponowna rejestracja kościoła pod nazwą Ewangelicko-Luterański Kościół w Rosji, Ukrainie, Kazachstanie i Azji Środkowej. W tym samym roku we wsi Novosaratovka pod Petersburgiem założone zostało nowe seminarium.
Pomimo tego, że luteranizm pozostaje tradycyjnym wyznaniem niemieckiej mniejszości w Rosji, na terenach Azji Środkowej 30% członków kościoła ewangelickiego stanowią Rosjanie.
Organizacja Głównym organem kościoła jest Synod Generalny. Struktura organizacyjna przypomina Kościół Ewangelicki w Niemczech.