Na przełomie XIII i XIV w. w rejonie klasztoru osiedlili się niemieccy osadnicy ze Śląska. W rozwoju osady pomogły przywileje przysługujące miastom, jakie nadał jej w 1320 r. król Karol Robert Andegaweński. Mianowicie, uwolnił mieszkańców tej osady, występującej tu jako Bardfalva, na 10 lat od wszelkich opłat, a po upływie tego czasu miano płacić do skarbu królewskiego po pół wiardunku trzy razy do roku (na św. Jerzego, na św. Mikołaja i na Trzech Króli). Mieszkańcy zostali też zwolnieni z czynszu od siebie i swojego mienia na rzecz wójta. Wójtostwo, w tym dwa łany wolne od opłat i wyłączne prawo stawiania młynów, otrzymał niejaki Wawrzyniec. Jednocześnie dokument ten wyznaczał granice obszaru, jaki ma być własnością miasta. Ziemie te były w następnych wiekach przedmiotem licznych sporów między miastem a okoliczną szlachtą, zwłaszcza właścicielami feudalnego "państwa" z siedzibą na zamku MakowicaE. Janota: Bardyjów (...) s. 4.
Prawdopodobnie jeszcze w XIII w. bardejowski klasztor cystersów zanikł. Nie ma dowodów, aby został zniszczony w trakcie któregoś z najazdów tatarskich. W każdym razie nie ma o nim ani o zakonnikach wzmianki w dokumencie Karola Roberta z roku 1320, jest w nim natomiast wspominany miejscowy pleban, co świadczy o istnieniu kościołaE. Janota: Bardyjów (...) s. 3.