Kolejne kongresy naukowe zyskiwały coraz większą frekwencję: 1969 r. – 30 naukowców, 1972 r. – 50. Tematem wiodącym II kongresu w 1969 r. był renesans w muzyce krajów Europy Środkowej i Wschodniej, a III kongresu w 1972 r. – barok i klasycyzm w muzyce ww. krajów. Przybyło wielu muzykologów z Europy Zachodniej i Ameryki Północnej, a liczba gości (zagranicznych muzyków, muzykologów i melomanów) przekroczyła 1000.
Znaczenie kongresów MAEO polegało na rewizji stosunku nauki zachodniej do historii dawnej muzyki krajów Europy Środkowej i Wschodniej. Po okresie zaprzeczania istnieniu tej muzyki, pojawiły się w publikacjach muzykologicznych rozdziały poświęcone przeszłości muzycznej tej części Europy, a zwłaszcza Polski. Dorobkiem naukowym MAEO są referaty zawarte w Acta Musicologica i Acta Slavica oraz „Monumenta Musicae Antiquae Europae Orientalis” – druk dzieł muzycznych uznanych lub na nowo odkrytych, pochodzących z krajów Europy Środkowej i Wschodniej.