W czerwcu 1895 w wyniku nasilenia neurastenii próbował popełnić samobójstwo. W kolejnych latach jego problemy zdrowotne nasilały się, w 1897 roku miał atak serca. W 1897 u szczytu popularności powrócił do swojej alma mater, by uczyć malarstwa pejzażowego. W 1899 r. pracownię Lewitana wizytował książę Siergiej Aleksandrowicz Romanow wraz z małżonką, wtedy też otrzymał pozwolenie na ponowne zamieszkanie w Moskwie.
Zmarł 22 lipca 1900 r. w Moskwie. Ciało Lewitana pierwotnie pochowano na cmentarzu żydowskim, jednak w 1941 szczątki artysty zostały przeniesione na cmentarz Nowodziewiczy i umiejscowione w pobliżu grobu Antona Czechowa. Ostatnim dokończonym obrazem Lewitana był obraz Sianokosy.
Twórczość mały|244x244px|Nad wiecznym spokojem (1894) Isaak Lewitan znany jest przede wszystkim z licznych nastrojowych pejzaży. Jego obrazy zwykle są niezaludnione, bądź przedstawiają pojedyncze postacie, jak w kupionym przez Trietiakowa obrazie Jesienny dzień. Saloniki, na którym widoczna spacerująca kobieta w czerni została domalowana dopiero na koniec, po sugestii znajomego Lewitana. Na obrazie Władimirka namalowana, drobnymi pociągnięciami pędzla postać jest przytłoczona przez otaczający ogrom przestrzeni, szczególnie pustego nieba i niekończącej się drogi.