Struktura Najwyższym organem rady była coroczna Sesja Rady, której podlegał Komitet Wykonawczy złożony z wicepremierów państw członkowskich. W Warszawie siedzibę miała jedna z dwudziestu jeden komisji branżowych, odpowiedzialna za przemysł węglowy. Reprezentantem RWPG na zewnątrz był sekretarz Rady wyznaczany przez Sesję Rady. Komitet Wykonawczy powstał w czerwcu 1962, z siedzibą w Moskwie, gdzie też mieścił się od 1949 Sekretariat Rady.
Łącznie działało 21 stałych komisji RWPG: Stała Komisja Budownictwa z siedzibą w Berlinie (od czerwca 1958), Stała Komisja Ekonomiczna z siedzibą w Moskwie (od marca 1958), Stała Komisja Energetyczna z siedzibą w Moskwie (od czerwca 1958), Stała Komisja Geologiczna z siedzibą w Ułan Bator (od lipca 1963), Stała Komisja Handlu Zagranicznego z siedzibą w Moskwie (od maja 1956), Stała Komisja Koordynacji Badań Naukowo-Technicznych z siedzibą w Moskwie (od czerwca 1962), Stała Komisja Normalizacyjna z siedzibą w Berlinie (od czerwca 1962), Stała Komisja Pokojowego Wykorzystania Energii Jądrowej z siedzibą w Moskwie (od lipca 1960), Stała Komisja Przemysłu Maszynowego z siedzibą w Pradze (od maja 1956), Stała Komisja Przemysłu Chemicznego z siedzibą w Berlinie (od maja 1956), Stała Komisja Przemysłu Hutniczego z siedzibą w Moskwie (od maja 1956), Stała Komisja Przemysłu Lekkiego z