W latach 2005–2006 był członkiem Amadé Kammerphilharmonie w Akwizgranie. Od 2006 do 2019 był koncertmistrzem NFM Filharmonii Wrocławskiej. W 2006 został również II skrzypkiem założonego przez siebie Lutosławski Quartet. Marcin Markowicz założył również w 2015 roku Akademię Orkiestrową NFM, której był do 2019 dyrektorem artystycznym i jednym z wykładowców. W 2019 został Koncertmistrzem Orkiestry Polskiego Radia w Warszawie. W tym samym roku został skrzypkiem zespołu Jazz Band Młynarski-Masecki.
Jako kameralista współpracuje z takimi artystami, jak: Garrick Ohlsson, Piotr Anderszewski, Kevin Kenner, Jose Gallardo, Bruno Canino, Grzegorz Skrobiński, Paul Gulda, Krzysztof Jakowicz, Jakub Jakowicz, Agata Szymczewska, Bartłomiej Nizioł, Szymon Krzeszowiec, Mats Lidström, Tomoko Akasaka, Vladimir Mendelssohn, Andrzej Bauer, Tomasz Strahl, Alexander Gebert, Michel Lethiec, Uri Caine, Mark Feldman, Marcin Masecki, Benoit Delbeque.