Wybór na papieża Został wybrany w wyniku konklawe z 1404 roku. Złożył wówczas ślubowanie, że dołoży wszelkich starań do zakończenia wielkiej schizmy zachodniej, wliczając abdykację. Cosima Gentile Migliorati został wybrany na papieża 17 października 1404 i przybrał imię Innocenty VII. 11 listopada 1404 odbyła się uroczysta inauguracja jego pontyfikatu.
Pontyfikat Wbrew zobowiązaniom podjętym na konklawe, odmówił jednak podjęcia rozmów z „awiniońskim” antypapieżem Benedyktem XIII, mimo pojednawczych sygnałów płynących z Awinionu. Innocenty VII chciał doprowadzić do zakończenia schizmy na własnych warunkach i zwołał w tym celu sobór do Rzymu. Sobór ten jednak nigdy się nie odbył, a wkrótce potem w mieście wybuchł bunt przeciw krewnym papieża, którym ten powierzył wysokie stanowiska w administracji zarówno świeckiej, jak i kościelnej. Innocenty VII musiał wezwać na pomoc króla Neapolu Władysława, płacąc za tę pomoc szeregiem ustępstw o charakterze politycznym. Rebelię zdławił bratanek papieża Ludovico Migliorati, jednak jego brutalne metody (m.in. egzekucja 11 zasłużonych obywateli Rzymu) sprowokowały kolejne wystąpienia antypapieskie. 6 sierpnia 1405 Innocenty VII musiał uciekać wraz z kardynałami do Viterbo.