Pierwsza faza obejmowała okres od października 1939 do końca kwietnia 1940. Charakterystyczne dla tego etapu okupacji były zakrojone na szeroką skalę akcje „prewencyjne”, wymierzone w pierwszym rzędzie w środowiska inteligenckie. Między innymi w dniu 8 października 1939 aresztowano 354 warszawskich księży katolickich i nauczycieli, gdyż władze okupacyjne uznały, że ze względu na postawę „pełną polskiego szowinizmu” stanowią oni dla Niemców „olbrzymie zagrożenie”. Na terenie Warszawy masowe i potajemne egzekucje przeprowadzano przede wszystkim na tyłach gmachu Sejmu RP (w tzw. ogrodach sejmowych). Między październikiem 1939, a kwietniem 1940 funkcjonariusze SS i policji niemieckiej zamordowali tam co najmniej kilkaset osób. Począwszy od grudnia 1939 więźniowie polityczni z Warszawy byli natomiast rozstrzeliwani w okolicach wsi Palmiry na obrzeżach Puszczy Kampinoskiej. Zimą przełomu 1939/1940 miały także miejsce potajemne egzekucje na terenie Lasu Kabackiego oraz w rejonie tzw. Szwedzkich Gór na Bemowie. Ponadto celem zastraszenia polskiego społeczeństwa Niemcy dokonali kilku odwetowych egzekucji o charakterze jawnym, których ofiarami padły osoby aresztowane pod zarzutem sabotażu (polegającego np.