Rządy mameluków (1250–1517) Za panowania mameluckiej dynastii Bahrytów życie Żydów toczyło się względnie spokojnie. Niekiedy musieli jednak płacić wysokie składki na utrzymanie wyposażenia wojskowego i byli nękani przez ulemów i kadich. Według Al-Makriziego pierwszy mamelucki sułtan Bajbars (1260-77) podwoił wysokość podatku dżizja, płaconego przez niemuzułmańskie ludy księgi. W pewnym momencie zamierzał on spalić wszystkich Żydów, jednak ostatecznie zmienił swą pierwotną decyzję na wysoką daninę, podczas ściągania której wielu zginęło.
Żydowski kronikarz egipski Sambari opisuje przypadek fanatycznego konwertyty z judaizmu, Sa’ida ibn Hasana z Aleksandrii, którego złościła „arogancja” niemuzułmańskich społeczności, w szczególności otwarty sposób odprawiania nabożeństw w kościołach i synagogach. Usiłował on doprowadzić do zamknięcia tych świątyń. Niektóre kościoły zostały wówczas zniszczone przez aleksandryjski tłum, jednak większości synagog pozwolono ostatecznie pozostać. Wykazano bowiem, że synagogi te sięgają czasów paktu Umara (717, między kalifem Omarem II a ludami Księgi), który gwarantował im ochronę. Za panowania sułtana An-Nasira Muhammada oskarżono Żydów o podpalenia w Fustat i Kairze. Społeczność wykupiła się, płacąc 50 000 sztuk złota.