Za panowania dynastii Burdżytów z powodu plagi, która nawiedziła ludność w 1438, Żydzi kairscy musieli zapłacić 75 000 sztuk złota.
Rządy tureckie (1517–1922) W 1517 roku turecki sułtan Selim I Groźny obalił Al-Aszrafa Tumanbaja, ostatniego sułtana z dynastii mameluków. Zwycięski władca dokonał radykalnych zmian w organizacji społeczności żydowskich, znosząc urząd nagida, nadając wspólnotom niezależność od siebie i ustanawiając urząd naczelnego rabina (tur. Hahambaşı), na który powołany został Dawid ibn Abi Zimra. W 1524 zarządca Egiptu, Ahmed Pasza, zamieszany w rewoltę przeciw tureckiemu sułtanowi, uwięził 12 wiodących osobistości społeczności kairskich Żydów i uwolnił je dopiero po wpłaceniu wysokiego okupu. Dla upamiętnienia tego wydarzenia wśród egipskich Żydów świętuje się „purim kairski” 28 dnia miesiąca Adar.
Pod koniec XVI w Bezalel Aszkenazi szeroko rozwinął studia talmudyczne. Jest on autorem m.in. komenarza talmudycznego „Shittah Mekubetzet”. Jednym z jego uczniów był Izaak Luria, uczony, mistyk i twórca kabały luriańskiej.
Menasze ben Israel w 1656 pisał: „Wicekról Egiptu ma zawsze przy sobie Żyda obdarzonego tytułem 'zaraf baszi', czyli 'skarbnik', który zbiera podatki kraju. Obecnie stanowisko to zajmuje Abraham Alkula”. Dwukrotnie odwiedził Kair Sabbataj Cwi, którego mesjański ruch wywołał w Egipcie wielką sensację.