Łąki Na łąkach Gór Stołowych występuje uważany za symbol ziemi kłodzkiej pełnik europejski Trollius europaeus, zwany tu różą kłodzką (niem. Glatzer Rose). Interesujące są tu również występujące m.in. wokół Skałek Łężyckich łąki ostrożeniowe Cirsietum rivularis i łąki ostrożeniowo-rdestowe wokół Karłowa i Pasterki.
Roślinność naskalna Rośliny cieniolubne W Górach Stołowych w zacienionych i wilgotnych szczelinach skalnych występuje wiele roślin cieniolubnych i higrofilnych. Szczególnie bogata jest flora zarodnikowa, wyróżniają się pod tym względem zwłaszcza zbocza Rogowej Kopy i Szczelińca Wielkiego, gdzie znajduje się np. jedyne w Europie Środkowej stanowisko jednego z gatunków wątrobowców. Na terenie pasma wśród przedstawicieli mchów i wątrobowców występują również endemity i gatunki reliktowe.
Rośliny kserotermiczne Na nagrzanych słońcem skałach występują zespoły roślinności kserotermicznej.
Rośliny chronione Wiele z występujących w Górach Stołowych roślin znajduje się pod ochroną, są to m.in.