Lasy W lasach Gór Stołowych dominują wprowadzone tu przez człowieka monokultury świerkowe, które zastąpiły wycięte wcześniej lasy liściaste i mieszane regla dolnego. Najsłabiej reprezentowane są lasy łęgowe. Dolnoreglowe lasy liściaste zachowały się tylko na niewielkich obszarach w trudno dostępnym terenie. zespół żyznej buczyny sudeckiej Dentario enneaphylli-Fagetum, m.in. w górnym biegu Pośny, na zachodnich zboczach Błędnych Skał oraz w rejonie Rogowej Kopy zespół jaworzyny z miesiącznicą trwałą Lunario-Aceretum pseudoplatani pod Rogową Kopą zespół świerczyny dolnoreglowej Abieti-Piceetum zespół torfowiska wysokiego leśnego z udziałem sosny drzewokosej Pinus x rhaetica na Wielkim Torfowisku Batorowskim.
Od wielu lat prowadzona jest przebudowa sztucznych drzewostanów świerkowych na las zbliżony składem gatunkowym do naturalnych drzewostanów regla dolnego. Sadzone są głównie buki, jodły i jawory. Tylko na obszarze samego Parku Narodowego Gór Stołowych przebudowie podlega około 3000 ha. Paradoksalnie odradzające się lasy zasłaniają to, co wyróżnia Góry Stołowe – rzadko spotykane gdzie indziej formy skalne.