Pojawiły się jednak również głosy krytyczne wobec takiej organizacji kary pozbawienia wolności. Problemem były wysokie koszty budowy, organizacji i prowadzenia takiego zakładu karnego. Zauważono też, że taki reżim więzienny jest bardzo surowy. Absolutna izolacja powodowała problemy psychiczne wielu więźniów, apatię oraz bardzo dużą liczbę samobójstw.
Problemy związane z systemem pensylwańskim doprowadziły do prób jego reformy i stworzenia w latach 1821–1823 odmiennego systemu penitencjarnego systemu milczenia (czasami systemy pensylwański i system milczenia traktowane są jako odmiany systemu celkowego). Obydwa systemy były w pierwszej połowie XIX w. traktowane jako konkurencyjne formy zakładów penitencjarnych. Koniec systemu celkowego w więziennictwie to lata 60. XIX w., choć izolacja w indywidualnych celach nadal stosowana jest wobec wybranych więźniów lub jako środek dyscyplinujący.
System milczenia (auburnski) thumb|400px|Życie więźniów w Sing Sing, zorganizowanego w systemie milczenia (1867).
Odmiana auburnska powstała w więzieniu w Auburn w latach 1821-1831. System ten oparty był na izolacji więźniów jedynie w nocy. W dzień wykonywali oni wspólnie pracę i spożywali posiłki, jednak obowiązywał zakaz porozumiewania się (stąd system ten nazywany jest też systemem milczenia).