11 września 1939 wspólnie z innymi 18 księżmi osadzony został w więzieniu na Zamku Lubelskim. Jego osobę wykorzystano w niemieckim procesie wobec biskupa Mariana Fulmana. W czerwcu 1940 zwolniony, a przez internowanego Fulmana został mianowany wikariuszem generalnym (do 1945). Podczas niemieckiej akcji czystek etnicznych na Zamojszczyźnie, wystosował 31 sierpnia 1943 memoriał do gubernatora dystryktu lubelskiego Richarda Wendlera. W memoriale pisał o niemieckich prześladowaniach, m.in. o zamknięciu 41 kościołów, o ludności zmuszanej przez Niemców do krwawej obrony.
Po wojnie tworzył ośrodek badań biblijnych na KUL. 5 czerwca 1945 Senat uczelni wybrał go honorowym profesorem Wydziału Teologicznego. Zmarł we Włocławku 10 sierpnia 1953 roku.
Praca naukowa i publikacje na temat Żydów Kruszyński twierdził, że zamiłowania naukowe odkrył w sobie w roku 1905 w Londynie. Wtedy zaczął publikować w „Wiadomościach Pasterskich” pod pseudonimem Abel Nahbi, zaś w maju 1906 ukazała się jego pierwsza książka: Komentarz do ewangelii św. Marka. Między 1909 oraz 1923 redagował biuletyn naukowy w Ateneum Kapłańskim.