W trakcie walk powstania warszawskiego w 1944 roku uległ zbombardowaniu i dalszemu znacznemu zniszczeniu.
Zarządzeniem Ministra Kultury i Sztuki z 25 października 1949 roku utworzono przedsiębiorstwo państwowe pod nazwą „Filharmonia Narodowa w Warszawie”.. Rok później zapadła decyzja o odbudowie gmachu, lecz – zgodnie z zapowiedzią na łamach „Życia Warszawy” – w formie różniącej się od tej, jaką miał przedwojenny budynek.
Odbudowany budynek został otwarty 21 lutego 1955 roku, w dniu rozpoczęcia V Międzynarodowego Konkursu Pianistycznego im. Fryderyka Chopina. Tego samego dnia, z okazji inauguracji sezonu w nowej własnej siedzibie, instytucji Filharmonia Warszawska nadano nazwę Filharmonia Narodowa. Nowo otwarty budynek, odbudowany według projektu Eugeniusza Szparkowskiego i Henryka Białobrzeskiego, utracił swój pierwotny bogato zdobiony wystrój elewacji na rzecz stylistyki architektury socrealizmu. Częściowo odtworzono jedynie salę koncertową pierwotnego budynku, wykorzystując zachowane ściany, ale bez rekonstrukcji wystroju. Dla poprawy komunikacji wewnętrznej główne wejście do budynku przeniesiono na stronę ul.