Ostatnie oddziały regularnej armii greckiej opuściły Smyrnę 3 września 1922. Tymczasem armia turecka, zbliżająca się błyskawicznie do miasta, była realnym zagrożeniem dla ludności, z czego zdawał sobie sprawę głównodowodzący wojskami tureckimi Mustafa Kemal Pasza. Wydał on pośpiesznie rozkaz, na mocy którego, każdy żołnierz, który zabije osobę cywilną, poniesie śmierć. W ten sposób starał się zapobiec zniszczeniu miasta i uchronić ludność przed odwetem armii tureckiej. Ulotka z tym rozkazem została rozpowszechniona w języku greckim. Zaznaczył też, że rząd w Ankarze nie może być odpowiedzialny za ewentualną masakrę mieszkańców.
Zabiegi Mustafy Kemala zostały zignorowane. 9 września oddziały tureckiej kawalerii pod wodzą Nureddina Paszy, dzięki nagłemu manewrowi, weszły do Izmiru. Nureddin Pasza wydał rozkaz eksterminacji ludności chrześcijańskiej miasta. W dzielnicach zamieszkanych przez Greków i Ormian rozpoczęła się rzeź. Jej ofiarą padło co najmniej 30 tys. osób, podawane są również liczby 50 tys. czy nawet 125 tys. zabitych.