W sierpniu 1944 otrzymał funkcję Inspektora Obszaru Zachód (pozostającego pod okupacją niemiecką), w ramach której w sierpniu, listopadzie i grudniu 1944 przeprowadzał inspekcje różnych oddziałów, m.in. Brygady Świętokrzyskiej NSZ na Kielecczyźnie.
20 października 1944 Rada Polityczna NSZ, która była organem zwierzchnim niescalonego NSZ, mianowała go pełniącym obowiązki komendanta głównego. Jednocześnie otrzymał awans na generała brygady NSZ ze starszeństwem z dniem 11 listopada tego roku.
Po rozpoczęciu operacji wiślańsko-odrzańskiej przez Armię Czerwoną w styczniu 1945, wydał rozkaz dowódcy Brygady Świętokrzyskiej wymaszerowania na Zachód. Sam natomiast pozostał w kraju, aby dowodzić resztą podległych mu oddziałów. W tym czasie stracił adiutanta Tadeusza Skarżyńskiego ps. „Bończa”, który został aresztowany przez NKWD i wywieziony na SyberięNasz Dziennik: Obóz śmierci na pustyni Kara-Kum.. Kolejnym jego adiutantem został Tomasz Wolfram ps. Dominik Grabowski. Na początku 1945, Zygmunt Broniewski jako dowódca Narodowych Sił Zbrojnych uznał, że dalsza walka w kraju z militarnego punktu widzenia nie ma sensu. Po powstaniu Tymczasowego Rządu Jedności Narodowej, 5 lipca 1945 zawiesił działalność podległych mu struktur i przedostał się na ZachódMariusz Mazur, Antykomunistycznego podziemia portret zbiorowy 1945-1956.