W prezbiterium znajduje się okuta miedzią płyta zasłaniająca wejście do podziemi kościoła, gdzie znajdują się krypty grobowe, w których grzebano miejscowych zakonników, oraz system podziemnych korytarzy łączących poszczególne budynki klasztorne i wychodzących poza obręb klasztoru. Wyjścia z podziemi znajdowały się w majątku Wielko-Zagórze (obecnie Park Miejski w Miechowie) oraz na przedmieściu Janów u podnóża wielkiej skarpy, na której stoi kompleks klasztorny.
Klasztor Główny budynek dawnego klasztoru bożogrobców w Miechowie to czworobok, pośrodku którego znajduje się prostokątny wirydarz z gotycko-renesansowymi krużgankami nakrytymi sklepieniami krzyżowo-żebrowymi ze zwornikami w kształcie tarcz herbowych. W gmachu zachowało się ok. 60 jednoosobowych cel zakonników i dwupiętrowe pomieszczenie refektarza.
W wirydarzu znajduje się kaplica Grobu Bożego, centralny element kompozycyjny i ideowy kompleksu klasztornego, nakryta kopulastym sklepieniem, konsekrowana po pożarze głównego kościoła w 1745 roku jako oddzielna, niezależna świątynia. Symboliczny Grób Chrystusa, wybudowany w 1530 roku, to niewielka komora z białego wapienia pińczowskiego;