W dolnej części wieży znajduje się kaplica św. Marii Magdaleny, która jako jedyna w świątyni zachowała wygląd gotycki. W kościele jest jeszcze jedna boczna kaplica przy przejściu do zakrystii, nosząca wezwanie św. Antoniego. W latach 1611–1616 nad zakrystią wybudowano pomieszczenie skarbca zakonu.
ołtarz główny rokokowo-klasycystyczny, złożony z trzech części: rokokowego tabernakulum na mensie ołtarzowej, złożonego z trzech lustrzanych płyt ozdobionych misterną ornamentyką; na jego zwieńczeniu umieszczono podobiznę Ducha Świętego pod postacią gołębicy oraz wizerunki świętych Grzegorza i Augustyna części środkowej, będącej płaskorzeźbą stiukową przedstawiającą Zmartwychwstanie części górnej, w której znajduje się wizerunek Boga Ojca adorowanego przez Anioły.
ołtarze boczne ołtarz św. Jakuba Młodszego Apostoła ołtarz św. Augustyna ołtarz św. św. Piotra i Pawła ołtarz św. Jan Nepomucena ołtarz Matki Boskiej ołtarz Świętego Krzyża ołtarz św. Józefa ołtarz św. Anny