Po Powstaniu Styczniowym Mogielnica straciła prawa miejskie, stając się osadą o statusie gminy.
Tuż przed zakończeniem I wojny światowej miejscowość otrzymała połączenie kolejowe z Warszawą przez Grójec (Piaseczyśko-Grójecka Kolej Wąskotorowa). W 1924 przedłużono linię, aż do Nowego Miasta nad Pilicą. Prawa miejskie Mogielnica odzyskała w 1919 r. po odzyskaniu przez Polskę niepodległości. Były tu wówczas dwie szkoły podstawowe, trzy biblioteki, czytelnie, świetlica a następnie Państwowe Seminarium Nauczycielskie (po 1945 r. reaktywowano je w formie – liceum Pedagogicznego).
Podczas okupacji niemieckiej doszło do masowej eksterminacji mieszkańców Mogielnicy, której znaczną część stanowili Żydzi. Były też mordy na Polakach w związku z aktywnie działającą partyzantką w niedalekich lasach. W 1943 r. oddział Narodowych Sił Zbrojnych zlikwidował 5 komunistów z Polskiej Partii RobotniczejAndrzej Werblan: Władysław Gomułka. Sekretarz Generalny PPR, Książka i Wiedza 1988, s. 164 ..
Podczas okupacji hitlerowskiej, w listopadzie 1940 roku Niemcy utworzyli getto dla żydowskich mieszkańców. Przebywało w nim około 2800 Żydów. W lipcu 1942 zostali wywiezieni do getta w Warszawie, a stamtąd do obozu zagłady Treblinka II i tam zamordowani.