W 1564 r. w Mogielnicy jest 700 mieszkańców, z czego 120 to rzemieślnicy. Na zachowanym odcisku pieczęci rady miejskiej z 1317 r. znajduje się wyobrażenie – herbu Mogielnicy, które w niezmiennej postaci przetrwało do naszych czasów. Od połowy wieku XVII do poł. wieku XIX Mogielnica przeżywa czasy swojego upadku, który zaczął się od zniszczeń dokonanych przez wojnę szwedzką 1655-1660 z których miasto dźwiga się bardzo powoli o czym świadczy liczba domostw, która z ponad 100 później wynosi zaledwie 49. Dopiero późniejsze lata przynoszą ożywienie gospodarcze i rozbudowę miasta ok. 101 domów (1797).
Po III rozbiorze Polski Mogielnica znalazła się w tzw. Prusach Południowych, a w latach 1806-1815 w Księstwie Warszawskim, w obrębie departamentu warszawskiego, a 1815-1918 pod zaborem rosyjskim. Względna stabilizacja miasta następuje po 1820 r. (prawie 1700 mieszkańców, w tym 670 Żydów). Na miejsce klasztoru cystersów powstaje obecny kościół parafialny (1892-1895). Rozwijało się rzemiosło i drobny handel, powstało pięć garbarni. Przeważali jednak rolnicy, którzy pod koniec XIX w. wyspecjalizowali się w sadownictwie i warzywnictwie.