XV i XVI wiek thumb|Kamienice na rynku w Mirsku po stronie północnej Miasto nigdy nie miało murów obronnych; pomimo to podczas najazdu husytów w 1431 r. połączone siły załóg zamków Czocha, Gryf i Świecie obroniły miasto. W 1448 r. jednak zostało splądrowane i spalone przez grupę wędrownych rozbójników. Kolejny raz odbudowane, miasto w następnym stuleciu wybrało sobie dzień św. Marii Magdaleny (22 lipca) na doroczny jarmark, urządzany tu od 1521 r. Na okres lat 20. XVI w. – przypada także początek silnych wpływów protestanckich w mieście, kiedy niemal wszyscy jego mieszkańcy przyjęli luteranizm. W 1526 r. Mirsk, wraz z całym Śląskiem, trafił pod panowanie austriackich Habsburgów. Kolejny wielki pożar miasta dotknął Mirsk w 1558 r.; zaraz po odbudowaniu kościoła i ratusza okolicę nawiedziła w 1565 r. zaraza, w wyniku której zmarło ok. trzech tysięcy mieszkańców miasta i okolicznych wsi. Pomimo to koniec XVI w. należy do okresu prosperity miasta, które stało się znaczącym na Śląsku producentem płótna lnianego, na miarę położonych w pobliżu Gryfowa i Jeleniej Góry, a także odleglejszych – Kowar i Sobótki.