7 października 1941 r. został aresztowany przez gestapo i przewieziony do Domu Żołnierza w Poznaniu, skąd okupanci przenieśli go do Fortu VII. 29 października 1941 r. przewieziony został do KL Dachau (numer obozowy 28-0960). Przebywał w obozie aż do wyzwolenia go przez armię amerykańską 29 kwietnia 1945. W obozie współdzielił niedolę wraz z ks. Marianem Żelazkiem, Juliuszem Zielińskim, bp Kazimierzem Majdańskim i bł. Michałem Kozalem – (ks. Woźniak był świadkiem w procesie beatyfikacyjnym bł. Michała Kozala).
We wrześniu 1945 r. został mianowany przez Ordynariusza dla Polaków w Niemczech, biskupa polowego Józefa Gawlinę, kapelanem obozu polskiego przy Związku Polskim w Hamburgu. Wikariusz generalny - ks. prałat Lubowiecki - powierzył mu opiekę duszpasterską nad chorymi Polakami w czterech szpitalach i więźniami w ośmiu więzieniach.