Od 1991 Ukraiński Kościół Prawosławny Patriarchatu Moskiewskiego zaczął podkreślać, iż nie jest Kościołem o rosyjskim charakterze, wysyłając swoich przedstawicieli na ukraińskie uroczystości patriotyczne. W seminarium duchownym w Odessie został wprowadzony jako wykładowy język ukraiński. Postawa ta została jednak przyjęta z nieufnością z powodu faktu, że jeszcze rok wcześniej duchowieństwo Kościoła jednoznacznie opowiadało się za bliskim związkiem Ukrainy z Rosją. Obiektem szczególnej krytyki stał się metropolita Filaret, który w czasie swojej posługi na Ukrainie (od 1966) zwalczał wszelkie przejawy ukraińskości w kierowanych przez siebie strukturach, nagle zaś zmienił całkowicie poglądy.
Według danych z 1 stycznia 1992 jurysdykcję Patriarchatu Moskiewskiego uznawały na Ukrainie 5473 parafie, przy czym na zachodzie kraju (w obwodach lwowskim, iwanofrankiwskim i większej części tarnopolskiego) ustępowały one liczebnie parafiom greckokatolickim oraz placówkom Kościoła Autokefalicznego.