Do zdecydowanego ataku na Ukraiński Autokefaliczny Kościół Prawosławny przystąpili również hierarchowie Ukraińskiego Kościoła Prawosławnego na czele z metropolitą kijowskim Filaretem, zarzucając mu kryptogrekokatolicyzm. Hierarchia kanonicznego Kościoła miała po swojej stronie poparcie Komunistycznej Partii Ukrainy.
Na początku 1991 Ukraiński Kościół Prawosławny Patriarchatu Moskiewskiego miał oficjalnie 5031 placówek duszpasterskich, z czego 1181 w Galicji i na Zakarpaciu, 1160 na Wołyniu i Bukowinie, 973 w obwodach żytomierskim, winnickim i chmielnickim. W kierunku wschodnim liczba parafii malała: w obwodzie ługańskim działały 92, zaś na Krymie – 40. Jeszcze w latach 1988–1991 władze komunistyczne przekazywały zamknięte dotąd cerkwie Patriarchatowi Moskiewskiemu, by nie przejęli ich grekokatolicy ani zwolennicy autokefalii. Mimo tego tylko w 1990 kanoniczny Kościół stracił na zachodniej Ukrainie ponad 600 parafii na rzecz wymienionych dwóch Kościołów.