W owych czasach (na przełomie XIX i XX w.) na Wydziale Lekarskim działali m.in.: Ludwik Teichmann, odkrywca kryształków chlorheminy, Napoleon Cybulski, Jan Mikulicz, Alfred Biesiadecki, Tadeusz Browicz, Ludwik Rydygier, Alfred Obaliński, Maurycy Madurowicz, Henryk Jordan, Aleksander Rosner, Jan Piltz i Kazimierz Kostanecki.
Po wybuchu II wojny światowej i Sonderaktion Krakau uniwersytet został zamknięty. Trwało jednak tajne nauczanie.
W 1950 Wydział Lekarski wyłączono z Uniwersytetu Jagiellońskiego i utworzono z niego odrębną uczelnię. W 1973 Akademia Medyczna w Krakowie otrzymała imię Mikołaja KopernikaRozporządzenie Rady Ministrów z dnia 8 września 1973 r. w sprawie nadania Akademii Medycznej w Krakowie imienia Mikołaja Kopernika ().. Akademia została na powrót włączona do Uniwersytetu Jagiellońskiego 12 maja 1993Ustawa z dnia 16 kwietnia 1993 r. o włączeniu Akademii Medycznej im. Mikołaja Kopernika w Krakowie do Uniwersytetu Jagiellońskiego w Krakowie ().. Od tej pory funkcjonuje pod swoją obecną nazwą: Uniwersytet Jagielloński Collegium Medicum. Obecnie stanowi grupę wydziałów Uniwersytetu Jagiellońskiego i jest zarządzana przez prorektora UJ ds. Collegium Medicum.