Wykładano na niej anatomię, fizjologię, farmację, patologię, internę, chirurgię, położnictwo i materię medyczną (czyli naukę o lekach). Pierwszy profesor Szkoły Andrzej Badurski założył szpital kliniczny (początkowo zlokalizowany w pojezuickim Kolegium św. Barbary na rogu Siennej i Małego Rynku, następnie przeniesiony do karmelitów bosych na Wesołą, po czym przeniesiony przez Macieja Józefa Brodowicza na ulicę Kopernika).
Po III rozbiorze Polski w 1795 rząd austriacki początkowo nie wprowadził na uniwersytecie żadnych zmian. W 1805 utworzono na Wydziale Lekarskim 11 katedr. Wykładali na nich profesorowie niemieccy i austriaccy. Za czasów Księstwa Warszawskiego, Wolnego Miasta Krakowa (czyli tzw. Rzeczypospolitej Krakowskiej) wykładano po polsku i łacinie, dominowali polscy profesorowie. W okresie Wiosny Ludów na krótko ponownie rozpoczęła się germanizacja, której przeciwstawiał się lekarz, profesor, rektor UJ i prezydent Krakowa, Józef Dietl.
Był najsilniejszym wydziałem Uniwersytetu Jagiellońskiego w drugiej połowie XIX i na początku XX wieku.
W latach 1848–1850 dziekanem Wydziału Lekarskiego był Fryderyk Hechel.