Styl jazdy Australijczyka, który preferował nadsterowny motocykl, świetnie zgrał się z budową ogumienia. Inna sytuacja miała miejsce u drugiego zawodnika Red Bull Yamaha WCM, Francuza Régisa Laconi, który miał problemy z prowadzeniem motocykla.
Rok 2001 również zapowiadał się dobrze dla Garry’ego. W pierwszym wyścigu (o GP Japonii) McCoy zajął drugą pozycję, do ostatnich metrów walcząc z późniejszym mistrzem świata Valentino Rossim. Sezon został jednak zaprzepaszczony wypadkiem podczas treningów przed GP Francji, w którym Australijczyk doznał złamania nadgarstka. Uraz wykluczył go łącznie z pięciu wyścigów. Do rywalizacji powrócił podczas GP Wielkiej Brytanii, w którym zajął przyzwoite jedenaste miejsce. Na podium udało mu się stanąć dwukrotnie. Podczas zmagań na torze w Czechach i Malezji znalazł się na trzeciej pozycji. Zdobyte punkty pozwoliły mu zająć w klasyfikacji 12. lokatę, wyżej od zespołowego partnera Noriyuki Hagi.
Sezon 2002 był ostatnim dla McCoya we współpracy z ekipą Red Bull Yamahy. Australijczyk wziął udział w dwunastu wyścigach, w trakcie których ośmiokrotnie dojeżdżał na punktowanych pozycjach. Najwyżej znalazł się podczas zmagań w Niemczech, gdzie był dziewiąty. Ostatecznie rywalizację ukończył na 19.