W 1998 uformował się Święty Synod, w skład którego weszli abp Anastasios, metropolita diecezji berackiej Ignati, metropolita diecezji korczańskiej Joani, biskup Apollonii Kozmai oraz sekretarz generalny Synodu, protoprezbiter Jani Trebicka.
Od 1992 Kościół dysponuje seminarium w Durrës, kształcącym duchownych pracujących w Albanii, a także dwiema szkołami średnimi (Gjirokaster i Sukth). Wspólnota wydaje miesięcznik „Ngjallja” (Zmartwychwstanie).
W 2012 zakończono odbudowę zniszczonej w czasach komunistycznych głównej katedry Kościoła – soboru Zmartwychwstania Pańskiego w Tiranie, a 1 czerwca 2014 dokonano panprawosławnego (z udziałem 8 zwierzchników autokefalicznych Cerkwi, w tym metropolity Sawy) poświęcenia świątyni.
Na posiedzeniu synodu 11–12 kwietnia 2016 zreorganizowano podział Kościoła, tworząc 3 nowe metropolieDominika Kovačević – Trzy nowe metropolie w Cerkwi Albańskiej [dostęp: 17.04.2016.].
Podział administracyjny Albański Kościół Prawosławny dzieli się na 7 metropolii: Metropolia Tirany Metropolia Amantii (utworzona w 2016) Metropolia Apollonii i Fier (utworzona w 2016) Metropolia Beratu Metropolia Elbasanu (utworzona w 2016) Metropolia Gjirokastry Metropolia Korczy