Po zakończeniu II wojny światowej Kościół prawosławny znalazł się w sytuacji uprzywilejowanej względem innych wyznań. Sprzyjały temu kontakty hierarchii duchownej z kierownictwem albańskiej partii komunistycznej. Status Kościoła określono na mocy ustawy z 1950. Sytuacja uległa radykalnej zmianie w latach 60. W 1967 Albania stała się państwem ateistycznym, co oznaczało likwidację wszystkich działających w tym kraju struktur religijnych. Większość duchownych znalazła się w więzieniach i obozach pracy, część podjęła pracę w kołchozach. W 1973 zmarł ostatni żyjący biskup albański, Damian (Kokoneshi). Zniszczono większość działających cerkwi, a zabrane z nich ikony trafiły do muzeów.
Odradzający się w 1991 Albański Kościół Prawosławny nie mógł zachować pełnej autokefalii z uwagi na brak osób, które zgodnie z prawem kanonicznym mogłyby pokierować wspólnotą. W tej sytuacji inicjatywę przejął Patriarcha Ekumeniczny, który skierował do Albanii duchownego greckiego, biskupa Anastazego (Jannulatosa), który zajął się odbudową struktur kościelnych. Działania Anastazego, aby odtworzyć struktury kościelne przy pomocy duchownych greckich, były blokowane przez władze albańskie do 1997. Po rewolucji piramidowej przywrócono trzech duchownych na wakujące stanowiska metropolitów (Beratu, Korczy i Gjirokastry).