22 kwietnia 1794 w ukazie adresowanym do namiestnika carskiego na nowo przyłączonych ziemiach Timofieja Tutołmina Katarzyna II nakazała mu prowadzenie działań na rzecz likwidacji unii. Ostatecznie do końca roku 1795 prawosławni pozyskali kosztem unitów ok. 200 cerkwi na Białorusi, wyznanie zmieniło ok. 115 tys. osób. Caryca przystąpiła również do otwartej walki z zakonem bazylianów, ogłaszając w 1795, iż każda wspólnota monastyczna bazyliańska, która nie zajmuje się działalnością charytatywną lub edukacyjną zostanie zamknięta.
Kosztem unitów rozbudowywana była sieć administracyjna Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego. W 1806 ze struktur unickich w zaborze rosyjskim istniała już tylko metropolia połocka kierowana przez biskupa Herakliusza Lisowskiego. W znacznej mierze z przejętych placówek duszpasterskich powołana została prawosławna eparchia podolsko-bracławska. Biskup Lisowski cieszył się całkowitym zaufaniem carycy. Majątki biskupów unickich zostały przejęte przez państwo i częściowo przeznaczone na wynagrodzenia dla wojskowych i urzędników szczególnie zasłużonych w procesie szerzenia prawosławia.