MD-90-30IGW – wersja ze zwiększoną maksymalną masą startową. Wyprodukowano tylko jeden egzemplarz, który 18 marca 1997 roku trafił do chińskich linii lotniczych Great China Airlines (s/n 53567). Od 1 marca 2008 roku znajduje się we flocie tajwańskich EVA Air pod numerem rejestracyjnym B-17926.McDonnell Douglas MD-80/90 - MSN 53567 airfleets.net
MD-90-30ER – wersja o przedłużonym zasięgu. Wyprodukowano dwa egzemplarze - jeden znajduje się w liniach Delta Air Lines (s/n 53576)McDonnell Douglas MD-80/90 - MSN 53576 airfleets.net, a drugi w Uni Air (s/n 53601)McDonnell Douglas MD-80/90 - MSN 53601 airfleets.net.
MD-90-30T „Trunkliner” – wersja specjalna o zwiększonej masie startowej i mocniejszym podwoziu, produkowana w Szanghaju. Początkowo planowano budowę 40 egzemplarzy, następnie zredukowano do 20China Northern Airlines Receives First MD-90. McDonnell Douglas Corporation. [dostęp:2011-07-04], a ostatecznie z fabryki wyjechały dwaOrders and Deliveries. www.boeing.com.
Użytkownicy Główni odbiorcy samolotu McDonnell Douglas MD-90 to Saudi Arabian Airlines (29), Delta Air Lines (16), Japan Airlines Domestic (16), China Northern Airlines (11), Uni Air (10), China Eastern Airlines (9), Scandinavian Airlines System (8), a także kilka mniejszych, ogółem 116 sztuk.MD-90 Model summary.