29 MD-90 dostarczonych do Saudi Arabian Airlines miały pełny kokpit, awionikę i panel sufitowy podobny do MD-11 by ułatwić pilotom MD-11, przestawienie się na nowe maszyny.
Po połączeniu się wytwórni Boeing i McDonnell Douglas w 1997, nie otrzymano już żadnego zamówienia na MD-90, ze względu na silnego konkurenta, jakim był Boeing 737. Również linie Delta Air Lines wycofały swoje zamówienie na MD-90, złożone przed połączeniem producentów, zamawiając w zamian B737-800, Delta Air Lines..
Produkcja MD-90 w Long Beach została zakończona w 2000, a ostatni egzemplarz trafił do Saudi Arabian Airlines. W rodzinie DC-9, biorąc pod uwagę liczbę wyprodukowanych samolotów - MD-90 zajmuje ostatnie miejsce, w skład flot linii lotniczych weszło jedynie 116 sztuk.
Kolejnym projektem producenta był McDonnell Douglas MD-95, który został przemianowany na Boeing 717-200The Boeing logbook: 1997-2001, www.boeing.com. Głównymi konkurentami MD-90 są: Airbus A320 i Boeing 737.
Warianty mały|Douglas MD-90 japońskich linii lotniczych MD-90-30 – podstawowa wersja modelu MD-90 z dwoma silnikami V2500 i EFIS (Electronic Flight Instrument System).