Po zawarciu układu monachijskiego (wrzesień 1938) Beneš podał się do dymisji. 22 października tegoż roku ponownie znalazł się na wygnaniu, tym razem w londyńskiej dzielnicy Putney. Niektórzy historycy (m.in. Zenowiusz Ponarski) na podstawie wspomnień gen. Sudopłatowa utrzymują, że w przeniesieniu się do Wielkiej Brytanii miał pomóc Benešowi Piotr Zubow, były przyjaciel szefa NKWD Ławrentija Berii, zaś jego wyjazd był możliwy dzięki pomocy siatki NKWD, w tym pomocy finansowejBogusław Wołoszański, Wojna, Miłość, Zdrada, s. 63, Wydawnictwo: Wołoszański, listopad 2010. ..
Rząd na emigracji Podczas pobytu na wygnaniu swój czas dzielił między pobyty w Londynie i Paryżu. Bardzo aktywnie angażował się w jednoczenie ośrodka emigracyjnego, który szybko stał się politycznym zapleczem dla sprawy niepodległej Czechosłowacji. W listopadzie 1939 utworzył Czechosłowacki Komitet Narodowy, który później przekształcono w emigracyjny rząd. Objął przy nim stanowisko prezydenta, stając się odpowiednikiem gen. Władysława Sikorskiego, który kierował polityką polskiego Rządu Emigracyjnego. Mimo prób porozumienia między obydwoma krajami, na wzajemnych stosunkach odbijały się spory z przeszłości, w tym kwestia Zaolzia zajętego przez polskie wojsko w 1938 roku.