Minister spraw zagranicznych Czechosłowacji W 1918 roku został mianowany ministrem spraw zagranicznych. Funkcję tę pełnił nieprzerwanie do 1935 roku. W latach 1921–1922 Beneš pełnił stanowisko szefa Rady Ministrów. Jako dyplomata zacieśniał stosunki z Zachodem, jednak utrzymywał również kontakty dyplomatyczne z ZSRR. Był również aktywnym działaczem Ligi Narodów i był radnym w tej organizacji. Zacieśniał także stosunki z państwami Europy Środkowej, odpowiadał za bliskie relacje z Rumunią i Jugosławią w ramach koncepcji Małej Ententy.
Prezydent Czechosłowacji W 1935 roku prezydent Masaryk ustąpił ze stanowiska. Jego następcą jako jedyny kandydat został Beneš, wskazany przez Masaryka. Podczas sprawowania funkcji prezydenta w polityce zagranicznej utrzymywał dawne relacje i dalej opierał politykę zagraniczną na kontaktach z Zachodem i Rumunią oraz Jugosławią. Uważał, że Czechosłowacja powinna oprzeć swe bezpieczeństwo na Lidze Narodów i utrzymywaniu postanowień Traktatu Wersalskiego. We wrześniu 1938 roku III Rzesza wysunęła roszczenia wobec terenów zamieszkałych przez ludność niemiecką. W obliczu żądań niemieckich znaczna część czeskiej generalicji zwróciła się do Beneša z żądaniem zaproponowania Polsce federacji z Czechosłowacją. Beneš jednak odmówił.