W styczniu i lutym 1940 miały miejsce w Palmirach liczne zbiorowe egzekucje, które związane były ze sprawą dekonspiracji podziemnej Polskiej Ludowej Akcji Niepodległościowej (PLAN) oraz brawurową ucieczką z aresztu Gestapo jednego z jej przywódców – Kazimierza Andrzeja Kotta. Po ucieczce Kotta (14 stycznia 1940) Niemcy przeprowadzili w Warszawie zakrojone na szeroką skalę aresztowania. W więzieniach znalazły się setki ludzi, w tym 255 intelektualistów narodowości żydowskiej. Tydzień później rozstrzelano w Palmirach 80 osób (w tym dwie kobiety). Wśród zamordowanych znalazł się proboszcz parafii Najświętszego Zbawiciela w Warszawie, ksiądz Marceli Nowakowski (poseł na Sejm RP, publicysta) oraz 36 osób narodowości żydowskiej (m.in. adwokat Ludwik Dyzenhaus i stomatolog Franciszek Sturm). Kolejnych 118 osób – w większości Żydów zatrzymanych w ramach represji po ucieczce Kotta – prawdopodobnie rozstrzelano tam w pierwszych miesiącach 1940. Ponadto dr Maria Wardzyńska podaje, iż w Palmirach zamordowano w tym okresie również ok. 40 mieszkańców Zakroczymia, w tym burmistrza Tadeusza Henzlicha (styczeń 1940).