Między innymi 8 października 1939 aresztowano 354 warszawskich księży katolickich i nauczycieli, gdyż władze okupacyjne uznały, że ze względu na postawę „pełną polskiego szowinizmu” stanowią oni dla Niemców „olbrzymie zagrożenie”.
Warszawskie więzienia i areszty – Pawiak, areszt śledczy przy ul. Daniłowiczowskiej, więzienie mokotowskie oraz piwnice gmachu Ministerstwa Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego przy alei Szucha 25 (w którym ulokowana została siedziba Sicherheitspolizei) – rychło zapełniły się aresztowanymi. Wielu zatrzymanych zostało wywiezionych do niemieckich obozów koncentracyjnych, gdzie przeżył tylko znikomy procent. Jesienią 1939 w Warszawie i jej najbliższych okolicach doszło również do pierwszych mordów na Polakach, w tym żydowskiego pochodzenia. Niektóre z nich miały charakter jawny (m.in. głośna zbrodnia w Wawrze), inne były trzymane przez okupanta w tajemnicy. W pierwszych miesiącach okupacji potajemne egzekucje mieszkańców Warszawy odbywały się przede wszystkim na tyłach gmachu Sejmu RP (w tzw. ogrodach sejmowych), gdzie między październikiem 1939 a kwietniem 1940 funkcjonariusze SS i policji niemieckiej zamordowali co najmniej kilkaset osób.