Twórczość Po roku 1630 podjął współpracę z Janem Amosem Komeńskim, m.in. tłumacząc na polski jego Janua linguarum reserata (Drzwi języków otworzone, Gdańsk 1633). Prócz pracy duszpasterskiej Węgierski wiele uwagi poświęcał przygotowaniom do colloquium charitativum oraz zbliżeniu wyznaniowemu braci czeskich i kalwinów. We Włodawie napisał też trzyczęściowego Kaznodzieję (Kaznodzieja osobny, Kaznodzieja domowy, Kaznodzieja zborowy) oraz dzieło swego życia Historię reformacji w krajach słowiańskich wydaną anonimowo w 1652 r. pod tytułem Systema historico-chronologicum Ecclesiarum Slavonicarum per provincias varias praecipue Poloniae, Bohemcae, Lituaniae, Russiae, Prussie, Moraviae etc. distinctiarum. Utwór, który ukazał się po śmierci autora, nie wzbudził początkowo odpowiedniego zainteresowania. Dzięki emigrantom braci polskich w Holandii dzieło zostało ponownie wydane (Amsterdam 1679) i wzbogacone o materiały do dziejów unitarianizmu w Polsce. Do dziś stanowi jedno z najważniejszych źródeł do dziejów reformacji tej części Europy.