Na tle jurysdykcji Jednoty braci czeskich z jednej strony i lubelskiego Kościoła kalwińskiego dochodziło początkowo do niesnasek, które zostały zakończone porozumieniem.
Andrzej Węgierski szybko zdobył uznanie wśród protestantów dystryktu lubelskiego, uczestnicząc w synodach i konwokacjach całej prowincji małopolskiej. Sam był też gospodarzem zjazdów kalwińskich we Włodawie w l. 1639, 1642 i 1644. Uczestniczył także w konwokacji generalnej Kościołów kalwińskich Korony i Litwy oraz braci czeskich, której rezultatem było ujednolicenie liturgii obu wyznań protestanckich. Ostateczne porozumienie zawarto we Włodawie na spotkaniu zainaugurowanym w 22 września 1634 r.
W 1634 r. Węgierski został mianowany pisarzem dystryktowym, a w 1643 r. synod w Bełżycach powołał go na konseniora dystryktu lubelskiego. 21 kwietnia 1644 r. na synodzie w Kocku wybrano go jednogłośnie seniorem kalwińskiego okręgu lubelskiego.